Il primo complesso in quest'area risale alla prima metà del XII secolo ed era formato da un Ospedale del Santo Sepolcro, per i pellegrini di passaggio per la Terra Santa e da una chiesa, disposti al di fuori della Porta Ponte, oggi Borgo Durbecco.
Il titolo di Santa Maria Maddalena, forse legato alla chiesa, compare per la prima volta in un documento del 1237, associato all'ospizio.
La chiesa attuale è stata costruita tra il XIII e il XIV secolo, quando il complesso è stato acquisito dall'Ordine degli Ospitalieri di San Giovanni di Gerusalemme (poi di Rodi, poi di Malta), che la gestirono attraverso Commendatari, cui l'edificio era affidato anche da un punto di vista economico.
La chiesa è a navata unica, decorata con affreschi di scuola locale, ed è coperta da una volta leggermente ribassata.
La facciata presenta un protiro di età secentesca, probabile sostituto di una struttura originaria su colonnine, conforme alla tradizione padana.
Sulla sinistra un solido portico con archi ogivali, scanditi da lesene, doveva offrire ricovero ai viandanti. Al termine del portico si conserva la torre campanaria a pianta quadrata.
Il più illuminato fra i Commendatari è stato il milanese Fra Sabba da Castiglione (1480 - 1554), dotto umanista e promotore dei restauri alla chiesa. A lui si devono il rifacimento dell'attiguo chiostro risalente al 1525 e il grande affresco del catino absidale, opera del 1533 di Girolamo da Treviso il Giovane. L'affresco, staccato e ricollocato, è probabilmente l'opera pittorica di maggior rilievo: un'ariosa architettura classica, aperta sul paesaggio ospita la Vergine in trono con Bambino, san Giovannino, santa Caterina d'Alessandria e santa Maria Maddalena affiancata, dal committente inginocchiato, lo stesso Fra Sabba. Ai lati della composizione centrale, le figure di san Michele Arcangelo e di san Girolamo.
Degna di nota è la tomba di Fra Saba, collocata sulla parete di sinistra e inserita in un affresco monocromo, opera di Francesco Menzocchi del 1545, con Fra Sabba ormai vecchio, presentato da san Giuseppe alla Vergine col bambino, affiancati dalle figure del Battista di Maria Maddalena. Nel registro inferiore la lastra tombale, con epigrafe latina da lui stesso composta affiancata dalle figure allegoriche della Pietà e del Silenzio.
Le pareti della navata conservano interessanti frammenti di affreschi di scuola locale del primo quattrocento.
